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CondalabTalks
Publicado: 15/09/21 17:50 Categorías: Biología molecular
Análisis del transcriptoma a partir de muestras FFPE
Se calcula que existe más de un billón de muestras de tejido archivadas en hospitales y bancos de tejidos por todo el mundo y la gran mayoría de ellas están fijadas con formalina y embebidas en parafina (FFPE). Estas muestras de tejido representan un gran recurso sin explotar para analizar el perfil molecular de muestras clínicas y descubrimiento de biomarcadores.
El principal problema con este tipo de muestras FFPE es que mientras que el proceso de fijar con formalina y embeber en parafina asegura que el tejido esté bien conservado, dificulta el proceso de extraer ácidos nucleicos de buena calidad para ser utilizados en aplicaciones posteriores, como es, por ejemplo, la transcriptómica, que es utilizada para analizar la expresión génica en esas muestras de tejido con fines de investigación y uso clínico.
A continuación, te presentamos un flujo de trabajo óptimo para ser utilizado con este tipo de muestras complicadas:
Workflow
Extracción del RNA a partir de muestras FFPE
El FFPE RNA Purification Kit (ref. 25300) de Norgen es un método rápido para el aislamiento y purificación del RNA total (incluyendo miRNA) a partir de muestras de tejido FFPE.
El uso de formalina para fijar los tejidos produce entrecruzamiento entre el RNA y las proteínas, mientras que el proceso de embeber los tejidos en parafina también puede provocar que el RNA se fragmente con el tiempo. Nuestro FFPE RNA Purification Kit genera unas condiciones que permiten la reversión parcial de las modificaciones provocadas por la formalina, y así se logra aislar RNA de alta calidad y con un buen rendimiento. Este kit es capaz de purificar RNA de todos los tamaños, desde mRNA y RNA ribosomal hasta miRNA y siRNA (dependiendo de la edad que tenga la muestra de tejido ya que se sabe que, con el paso del tiempo, se produce fragmentación del RNA).
Preparación de librerías NGS
El nuevo SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit v3 - Pico Input Mammalian puede emplearse con el RNA extraído del paso anterior para la preparación de la librería.
Características generales del Pico v3:
- Input de material de partida: 250 pg-10 ng de total RNA o 10-1000 células (humano, rata y ratón).
- Integración de UMIs: añade 8 nucleótidos que son Unique Molecular Identifiers (UMIs) a través del proceso de retrotranscripción. Muy pocos kits de preparación de librerías en el mercado los integran. Elimina el posible sesgo de amplificación por PCR y los errores de secuenciación. Identifica con precisión la verdadera variabilidad biológica y las mutaciones raras.
- Versatilidad: genera datos reproducibles a partir de RNA de cualquier calidad (incluidas muestras de FFPE, LCM y cell-free RNA).
- Eliminación de los rRNAs no deseados: depleción en forma de cDNA ribosomal siempre que sea de humano, rata o ratón.
- Protocolo rápido y sencillo: workflow completo en tan solo 7’5 horas y ahorra tiempo durante la purificación de la librería con una formulación mejorada del tampón.
- Compatibilidad con todas las plataformas Illumina (incluyendo NovaSeqTM): hasta 192 UDIs permiten agrupar un mayor número de muestras.
- Acceso al pipeline de análisis Cogent: pipeline de análisis gratuito y fácil, para usuarios de cualquier nivel de experiencia bioinformática, para un análisis de datos más rápido.
¿En qué consiste nuestra oferta?
Combina nuestro kit de Norgen para extraer RNA a partir de muestras FFPE con nuestro kit de preparación de librerías NGS de Takara y, además de utilizar productos de la más alta calidad en cada paso del workflow, tendrás la siguiente oferta:
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Descripción |
PVP 2021 Combo |
Oferta Combo |
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SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit v3 - Pico Input Mammalian (ref. 634486, 48 rxns) (ref. 25300, 50 rxns) |
6.146,17 € |
5.765,00 € |
Oferta válida del 15 de septiembre al 15 de diciembre de 2021.
Para beneficiarte de la oferta, usa en el pedido el código: PROMO RNAFFPE.
Los precios no incluyen IVA