Del DNA a la librería NGS en 2 horas
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Publicado: 29/04/25 16:04 Categorías: Biología molecular
Del DNA a la librería NGS en 2 horas
¿Has oído hablar de la tecnología ThruPLEX?
La química ThruPLEX está revolucionando la preparación de librerías de DNA-Seq. En apenas 2 horas y con sólo 15 minutos de manipulación manual es posible transformar el DNA de doble cadena en librerías de alta calidad, listas para secuenciar.
¿Qué es Thruplex?
ThruPLEX DNA-Seq es una tecnología de Takara Bio para preparar librerías indexadas de DNA-Seq con alta complejidad molecular a partir de cantidades mínimas de muestra, de manera simplificada y eficiente. Su protocolo en tubo único y sin purificaciones intermedias reduce los pasos manuales y minimiza la pérdida de muestra.
Compatible con plataformas Illumina y con capacidad de multiplexado de hasta 384 librerías, ThruPLEX permite generar datos de calidad más rápido, incluso desde muestras delicadas o degradadas, como FFPE o biopsias líquidas.
Este kit está diseñado para brindarte la máxima comodidad en el laboratorio; el protocolo se completa en 1 tubo, en 2 horas y con sólo 3 pasos.
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Paso 1: el DNA fragmentado se repara añadiendo la template preparation mix e incubando 45 min.
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Paso 2: se añade la library synthesis mix para incorporar los adaptadores en horquilla en 40 min.
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Paso 3: añadimos la library amplification mix y los índices, y en 30 min se consigue la extensión del DNA, el corte de los adaptadores y la amplificación de los fragmentos de la librería.
Tras una única purificación, tendrás una librería lista para secuenciar.
Figura 1. Pasos para la preparación de librerías de DNA-Seq para Illumina con tecnología ThruPLEX.
Aplicaciones destacadas de ThruPLEX:
1. Biopsias líquidas y cfDNA
La incorporación de UMIs (Unique Molecular Identifiers) en el kit ThruPLEX Tag-Seq permite identificar variantes alélicas de baja frecuencia (0,05%) de manera robusta, en muestras de apenas 10 ng de cfDNA.
Figura 2. Detección de SNVs en muestras de cfDNA con distintos contenidos de DNA de línea celular MLS 402 simulando frecuencias alélicas del 5%, 0,25%, 0,05%, y 0%. El análisis con el pipeline MAGERI y la corrección por UMIs reduce la tasa de falsos positivos.
A. Schmid, U. Lausch, A. Runkel, J. Kiefer, T. Pauli, M. Boerries, B. Bogner, S. U. Eisenhardt, D. Braig. (2025). Improved Quantification of Circulating Tumor DNA in Translocation-Associated Myxoid Liposarcoma by Simultaneous Detection of Breakpoints and Single Nucleotide Variants. Cancer Medicine. https://doi.org/10.1002/cam4.70704
2. Muestras parafinadas (FFPE) y DNA degradado
Con apenas 5 ng de DNA altamente fragmentado es posible conseguir librerías más complejas y representativas, con cobertura consistente incluso en regiones ricas en GC, y con menor porcentaje de lecturas duplicadas.
Figura 3. La tecnología ThruPLEX genera librerías con más moléculas únicas y menos duplicados que NEBNext Ultra y KAPA Hyper, y con un tamaño de inserto mayor.
3. ChIP-Seq y estudios epigenéticos
La sensibilidad del kit ThruPLEX DNA-Seq (hasta 50 pg) lo convierte en el aliado perfecto para combinar con técnicas de inmunoprecipitación, donde la cantidad obtenida de DNA es mínima.
Figura 4. Identificación mediante ChIP-Seq de 1.000 regiones genómicas (10 kb) al enriquecer con HP1BP3 y H1.2 en líneas HeLa tratadas con diversos siRNAs.
Miharu Hisaoka, Tetsuro Komatsu, Takuma Hashimoto, Jianhuang Lin, Yasuyuki Ohkawa & Mitsuru Okuwaki. (2025). Function of HP1BP3 as a linker histone is regulated by linker histone chaperones, NPM1 and TAF-I. Springer Nature. https://doi.org/10.1186/s13072-025-00581-x
4. Metagenómica
ThruPLEX es compatible con DNA de cualquier especie y permite capturar la complejidad microbiana de cualquier entorno con un protocolo simple y eficiente. Ideal para análisis de microbiota ambientales o clínicos.
Figura 5. Análisis metagenómico Shotgun de suelos en zonas afectadas por incendios.
Samuel E. Barnett, Ashley Shade, Elinne Becket. (2024). Seven years of microbial community metagenomes from temperate soils affected by an ongoing coal seam fire. ScienceDirect. https://doi.org/10.1128/mra.00198-24
5. Enriquecimiento con paneles de captura
Las librerías generadas con ThruPLEX son compatibles con los principales kits de captura, como SureSelect (Agilent), para estudios exhaustivos de exoma o de genes de interés en cáncer, enfermedades respiratorias, etc.
Figura 6. Análisis de mutaciones en el ctDNA de plasma de pacientes con adenocarcinoma ductal pancreático. Las librerías se prepararon a partir de 10 ng de cfDNA y se hizo la captura del exoma usando SureSelect XT2 v6.0 human all exon (Agilent).
Lavanya Sivapalan, Graeme J. Thorn, Emanuela Gadaleta, Hemant M. Kocher, Helen Ross-Adams & Claude Chelala. (2022). Longitudinal profiling of circulating tumour DNA for tracking tumour dynamics in pancreatic cancer. Springer Nature. https://doi.org/10.1186/s12885-022-09387-6
Ventajas de la tecnología ThruPLEX:
- Rapidez: librerías listas en 2 horas.
- Sencillez: sólo 15 minutos de manipulación y 1 paso de purificación.
- Eficiencia: los adaptadores en stem-loop bloqueados minimizan la aparición de dímeros de primers.
- Sensibilidad: eficaz en muestras escasas (50 pg) y/o degradadas (FFPE o biopsias líquidas).
- Multiplexado: los UDIs permiten secuenciar hasta 384 librerías a la vez.
- Compatibilidad con DNA de diverso origen, y con posterior enriquecimiento con paneles de captura.
- Flexibilidad: fragmentación mecánica o enzimática.
- Automatización: workflow simplificado para facilitar el escalado.
ThruPLEX no sólo simplifica la preparación de librerías: la revoluciona.
Consulta nuestra tabla comparativa para elegir el kit más adecuado según tu aplicación:
Descubre las posibilidades de ThruPLEX y el protocolo completo en el siguiente vídeo: