Desbloqueando el potencial de las muestras FFPE
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Publicado: 19/06/26 09:57 Categorías: Biología molecular
Las muestras parafinadas o FFPE (Formalin-Fixed Paraffin-Embedded) son uno de los recursos más valiosos para la investigación biomédica y el diagnóstico molecular.
La conservación en parafina permite mantener la arquitectura tisular a temperatura ambiente, con un coste relativamente bajo, y facilita la correlación entre la histopatología y los datos moleculares.
Durante décadas, hospitales, biobancos y laboratorios de anatomía patológica han almacenado millones de muestras en parafina, creando un enorme repositorio de información clínica e histológica con un valor incalculable.
Como contrapartida a las muestras frescas, más escasas y raras, estas muestras permiten realizar estudios retrospectivos con seguimiento clínico a largo plazo en enormes cohortes de pacientes, incluso de tejidos almacenados durante años en distintas ubicaciones.
Gracias a las muestras parafinadas podemos investigar biomarcadores predictivos y pronósticos con alta representabilidad y desarrollar aplicaciones de medicina personalizada.
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A pesar de su enorme potencial, trabajar con muestras parafinadas sigue suponiendo un importante desafío técnico, puesto que el proceso de fijación provoca:
- Fragmentación del DNA y RNA.
- Modificaciones químicas de los ácidos nucleicos.
- Formación de enlaces cruzados (crosslinking).
- Variabilidad entre muestras según el tiempo y condiciones de fijación.
Todo esto afecta a la eficiencia de extracción, la cuantificación fiable del DNA o RNA aislado y, por supuesto, a la sensibilidad y reproducibilidad de técnicas de análisis posteriores, como qPCR o NGS.
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Gracias al avance de las tecnologías de secuenciación y análisis molecular, hoy es posible obtener información genómica y transcriptómica de muestras parafinadas que, hasta hace poco, se descartaban por considerarse “insalvables”.
En Condalab te ofrecemos un portfolio específico de soluciones para facilitar el procesamiento y análisis molecular de muestras FFPE, superando muchos de los retos técnicos asociados a este tipo de material.
Aislamiento eficiente de DNA y RNA
A través de nuestro colaborador Norgen Biotek ofrecemos kits de purificación basados en resinas especializados para tejidos FFPE, que permiten recuperar material incluso en muestras altamente degradadas.
Puedes decidir entre kits para aislamiento de RNA (incluyendo los miRNAs), DNA o kits de extracción dual DNA/RNA, ideales para maximizar el aprovechamiento de muestras limitadas.
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Si lo que necesitas es una solución rápida y sencilla para la preparación de DNA a partir de tejidos parafinados, Takara Bio ofrece los kits DEXPAT Easy, un reactivo para aislamiento en menos de media hora y un único paso, especialmente útil para laboratorios que buscan simplificar el procesamiento de muestras FFPE.
Figura 1. Al añadir el reactivo DEXPAT a las secciones de parafina, incubar 10 min a 100º y centrifugar 10 min a 4º, se separan las distintas fases y se puede pipetear el DNA que queda en el sobrenadante.
Control de calidad y cuantificación de DNA/RNA
Evaluar la integridad y cantidad del material es esencial antes de iniciar un análisis molecular:
- Los reactivos Equalbit de Vazyme permiten cuantificar por fluorimetría el RNA o DNA de las muestras FFPE, y son compatibles con las extendidas plataformas Qubit.
- El kit FFPE DNA QC All-in-One de Takara permite evaluar por qPCR la cantidad y el nivel de fragmentación del DNA aislado de parafina, incluso partiendo desde apenas unos pocos ng, sin necesidad de desperdiciar muestra.
Figura 2. El kit FFPE DNA QC All-in-One contiene primers de amplificación de fragmentos largos y cortos, y permite así establecer un ratio que está directamente relacionado con el nivel de integridad del DNA testado. Cuando mayor sea el ratio largo/corto, mayor RIN.
Soluciones NGS para muestras degradadas
Contamos con kits de preparación de librerías Illumina adaptados a cada tipo de aplicación y cantidad de partida, incluyendo opciones con UMIs para un análisis más fiable y posibilidad de combinar hasta 384 UDIs:
| Tipo de librería | Input | Producto |
| DNA-Seq | Codifica proteínas terapéuticas para que la célula huésped la pueda producir directamente | VAHTS Universal Plus DNA Library Prep Kit for Illumina V2 (#ND627-01) |
| DNA-Seq (low input) | 250 pg – 200 ng DNA fragmentado | ThruPLEX® Tag-Seq FLEX (#R400734) |
| ssDNA-Seq (ssDNA, dsDNA, dsDNA con nicks o extremos cohesivos) | 10 pg - 250 ng DNA muy degradado (fragmentos ≥50 pb) | ssDNA-Seq Kit (#NN0003) |
| RNA-Seq | 100 ng RNA (sin rRNA) | VAHTS Universal V10 RNA-seq Library Prep Kit for Illumina (#NR606-01) |
| ARNA-Seq (low input) | 250 pg - 1 µg RNA total (RIN 2-10, ≤8µl) | SMART-Seq® Total RNA Pico Input with UMIs (ZapR™Mammalian) (#634354) |
| TCR+BCR-Seq (CDR3 de TCRa/b/g/d y BCR IgG/M/ A/D/E/K/L) | R200 ng – 1 µg FFPE RNA | MaxiSeq™ Human FFPE TCR+BCR (with UMIs) (#634386) |
¿Te interesa tener también la información espacial con resolución de célula única? El kit Trekker FX permite realizar estudios de transcriptómica espacial manteniendo la información del contexto tisular, una herramienta especialmente potente en oncología y estudios de microambiente tumoral.
Figura 3. Workflow de trabajo para transcriptómica espacial con Trekker FX.
Automatización del procesamiento
La automatización es clave para mejorar la reproducibilidad, reducir errores manuales y aumentar la capacidad de procesamiento en laboratorios de diagnóstico e investigación. ¿Conoces nuestras plataformas para cubrir el proceso completo?
Figura 4. Equipos para análisis molecular desde muestras parafinadas.
Presente y futuro del análisis de muestras parafinadas
Las muestras FFPE representan una oportunidad extraordinaria para la investigación traslacional y el diagnóstico molecular, pero también exigen workflows específicamente adaptados a la complejidad de este tipo de material.
Desde la extracción y cuantificación hasta la automatización y el análisis NGS, Condalab ofrece un abanico completo de soluciones diseñadas para maximizar el rendimiento y la calidad de los resultados en muestras parafinadas.
Descarga nuestro manual para muestras parafinadas y síguenos para estar al día.