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Publicado: 08/04/22 10:31 Categorías: Biología molecular
La revista Nature Methods lleva varios años eligiendo un “Método del Año” para así poder destacar las técnicas de mayor impacto para el desarrollo científico.
Algunas de estas técnicas elegidas durante estos años son:
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La secuenciación masiva o Next-Generation Sequencing (NGS) en 2007.
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La optogenética en 2010,
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La secuenciación de célula única en 2013
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Los análisis del epitranscriptoma en 2016.
En el en año 2020, fue el turno para la Transcriptómica Espacial.
La transcriptómica espacial nace de la necesidad de comprender la diversidad celular dentro de los diferentes tipos de tejidos, siendo esto fundamental para la comprensión mecánica de muchos procesos biológicos.
"La transcriptómica espacial nos permite, por primera vez, obtener información importante sobre la expresión de genes en tipos de células individuales mientras estamos en su contexto multicelular natural", explicó Hemali Phatnani, PhD, Director de CGND de NYGC, autor principal del estudio.
Los grandes avances tecnológicos en sistemas ópticos y NGS, ha permito a la transcriptómica espacial medir los niveles de expresión de todos o la mayoría de los genes de manera sistemática en todo el espacio tisular, aportando así un gran avance en neurociencia, desarrollo y biología vegetal, así como para investigar una variedad de enfermedades, incluido el cáncer.
Expresión específica de células. En una sección coronal del cerebro del ratón (izquierda), la unión de sondas para cada uno de los 57 genes y para 27 transcripciones específicas de tipo de célula (abajo a la derecha).
Método
Resumiendo, este método se divide en varios pasos:
- Colocar las secciones de tejido en un portaobjetos, las cuales son fijadas y teñidas. Una vez esto, se toman las imágenes de cada una de las áreas de captura y se procede a la permeabilización del tejido.
- Durante el proceso de permeabilización, las moléculas de mRNA migran hacia la superficie del tejido y son capturadas con primers RT con un barcode especifico que permite ubicar la muestra dentro del tejido.
- Posteriormente, y de forma opcional, se puede extraer el cDNA para la preparación de la librería y su posterior secuenciación mediante tecnologías de secuenciación masiva.
Actualmente la transcriptómica espacial es una técnica que convive con otras técnicas, ya que es importante no solo integrar datos del conjunto de células sino también el de una única célula.
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